La virología, entendiendo por tal, el estudio científico de los virus no es uno de los puntos fuertes de la formación profesional del creador de contenidos de este blog; tampoco los virus son un elemento particularmente intenso en la ginecología, hasta la llegada del VIH a nuestras vidas (aunque le hayamos dedicado algunos posts en el blog como en https://www.neyro.com/2017/11/
Es evidente que deberíamos dejar fuera de esa consideración todo lo referente al Virus del Papiloma Humano que este sí es ginecológico genuino y al que le hemos dedicado nada menos que un total de 56 noticias o posts distintos desde el lejano 2008 y que tenéis agrupados en https://www.neyro.com/?s=VPH+
La pandemia por SARS-CoV2 y la enfermedad que causa, el CoVID19 nos ha traído nuevos usos y costumbres y bueno será saber cuanto más mejor de nuestro (común) enemigo. Una de las (muchas tonterías que a modo de) teorías pulula en las RRSS sobre el origen del famoso Coronavirus es que ha sido fabricado por la mano (oculta, eso sí…) del propio hombre (malvado, por supuesto). Los virólogos y genetistas que analizan su genoma opinan diferente que todos los conspiranoicos. Ahora se ha publicado un análisis del genoma completo del SARS-CoV-2 de España que ha identificado cinco grandes clados en todo el mundo, surgidos en 2019 (19A y 19B) y en 2020 (20A, 20B y 20C).
Para los no familiarizados con esta terminología aclararemos que un clado es una agrupación que contiene un antepasado común y todos los descendientes (vivos y extintos) de ese antepasado. Así se denomina en la «cladística» a cada una de las ramificaciones que se obtienen después de hacer un único corte en el árbol filogenético de un determinado sujeto (individuo o incluso virus). Empieza con un antepasado común y consta de todas sus descendientes, que forman una única rama en el árbol de la vida (quizás la imagen de arriba ayude un poco a comprenderlo).
Este estudio que ahora comentamos, fue publicado con el título «A founder effect led early SARS-CoV2 transmission in Spain» y tuvo como objetivo analizar la difusión del SARS-CoV2 en España utilizando análisis filogenéticos de máxima verosimilitud y filodinámicos bayesianos. Se puede encontrar en las páginas del Journal of Virology y asequible en https://jvi.asm.org/
El ancestro común más reciente (siglas en inglés, MRCA) de la pandemia de SARS-CoV2 se estimó en Wuhan, China, alrededor del 24 de noviembre de 2019. Los análisis filogenéticos de las primeras 12.511 secuencias del genoma completo obtenidas en todo el mundo, incluidas 290 de 11 regiones diferentes de España, revelaron 62 introducciones independientes del virus en el país. La mayoría de las secuencias de España se distribuyeron en clados caracterizados por la sustitución D614G en el gen S (20A, 20B y 20C) y la sustitución L84S en ORF8 (19B) con 163 y 118 secuencias, respectivamente, con el resto de secuencias ramificándose en 19A. Las dos imágenes siguientes provienen del trabajo original de autores españoles dirigidos por Francisco Díez-Fuertes de la AIDS Immunopathology Unit, National Center of Microbiology, Instituto de Salud Carlos III, de Majadahonda, Madrid, Spain.
Se trata de «entender» cómo es este enemigo para poder concluir de dónde nos llegó y así conocer mejor la evolución de lo va sucediendo (y acaso de lo que podrá suceder)… Un total de 110 (38 %) secuencias de España se agruparon en cuatro diferentes clústers monofiléticos del clado 20A (20A-Sp1 y 20A-Sp2 ) y clado 19B (19B -Sp1 y 19B-Sp2) junto con secuencias de 29 países de todo el mundo. El MRCA de los clústeres 19A-Sp1, 20A-Sp1, 19A-Sp2 y 20A-Sp2 se estimó en España alrededor del 21 y 29 de enero, y el 6 y 17 de febrero de 2020, respectivamente.
La prevalencia del clado 19B en España (40 %) fue mucho más alta que en cualquier otro país europeo durante las primeras semanas de la epidemia, probablemente por un «efecto fundador». Sin embargo, esta variante fue reemplazada por virus portadores de G614 en abril. Los ensayos in vitro mostraron una mayor infectividad de viriones pseudotipados que mostraban sustitución de G614 en comparación con D614, lo que sugiere una evolución ventajosa de D614G.
En resumen, se han detectado múltiples introducciones de SARS-CoV-2 en España y al menos cuatro resultaron en la aparición de clústeres de transmisión local originados como muy tarde a mediados de febrero, con una mayor difusión a muchos otros países del mundo y unas semanas antes de la explosión de casos de COVID-19 detectados en España durante la primera semana de marzo.
La mayoría de las primeras variantes detectadas en España se ramificaron en el clado 19B (virus D614), que fue el clado más prevalente durante las primeras semanas de marzo, lo que apunta a un efecto fundador. Sin embargo, desde mediados de marzo hasta junio de 2020, los virus portadores de G614 (clados 20A, 20B y 20C) superaron las variantes D614 en España, probablemente como consecuencia de una ventaja evolutiva de esta sustitución en la proteína spike. Se detectó una mayor infectividad de los virus portadores de G614 en comparación con las variantes de D614, lo que sugiere que esta sustitución en la proteína spike del SARS-CoV-2 podría estar detrás del cambio de variante observado en España.